Добрый день.
Цитата: сначала физ. лицо (самозанятый) - арендатор, потом это лицо стало ИП
Ну то есть арендатор как был, так и остался все тем же лицом? Это ваша цитата.
Цитата: документы на аренду не действительны
Почему? В документах арендатор Иванов Иван Иванович. В свете предущей ремарки Иванов Иван Иванович, зарегистрированный в качестве ИП, перестал быть Иванновым Иваном Ивановичем и превратился в какой то другой хозяйствующий субъект, отличный от этого Иванова Ивана Ивановича?
Второй вопрос, что СФ, выданные неплательщику НДС включаются в книгу продаж с кодом 26, то есть вычет по ним заявить, конечно, можно, только будут вопросы. И вопросы будут к арендодателю.
Хотя он мог и код 01 ставить...
В общем то я не вижу вообще никаких проблем, связанных со сменой статуса физлица. Вообще ни одной.